Dalam menyelenggarakan pendidikan, Pondok Modern Ayatuna berjiwa dan berlandaskan nilai-nilai dan prinsip-prinsip luhur keislaman serta kepesantrenan. Jiwa dan nilai-nilai mulia yang hidup di Pondok inilah bangunan utama Pondok, yang menentukan tegak dan runtuhnya Pondok. Bangunan-bangunan nilai di Pondok melampaui bangunan-bangunan fisik (‘umraaniyyah).

PANCA JIWA 

Seluruh kehidupan di Pondok Modern Ayatuna dilandasi dan dijiwai oleh nilai-nilai Islami yang terihtisar dalam Panca Jiwa sebagai berikut:

a. Keikhlasan

Jiwa keikhlasan bemakna melakukan segala sesuatu semata-mata untuk menggapai ridha Allah. Dengan hati ikhlas segala karya dan ikhtiar bernilai ibadah. Maka jiwa ini berdenyut dan ditanamkan di setiap relung kehidupan di Pondok ini. Harmoni keikhlasan Kiai, para guru, serta para santri menjelma iklim pendidikan yang kondusif. 

b. Kesederhanaan

Jiwa kesederhanaan berarti kepatutan, bersifat proporsional, kelaziman, dan tidak berlebih-lebihan. Berkaca pada kisah Thalut dalam Al-Quran, hanya dengan jiwa kesederhaan dan tidak bergelimang seseorang dapat mengeluarkan kemampuan puncaknya. Karena jiwa inilah, Allah menurunkan pertolongan dan kemenangannya. 

Kesederhanaan di Pondok merupakan sebuah idealisme bukan karena keterpaksaan. Sejak awal jiwa kesederhanaan yang hidup di Pondok ini adalah karena by design.

c. Kemandirian

Kemandirian berarti tidak bergantung pada pihak lain dalam  mewujudkan cita-cita dan memenuhi hajatnya. Kemandirian bukan berarti enggan menerima bantuan orang lain, melainkan enggan menggantungkan nasibnya pada pertolongan orang lain. 

Dengan berusaha untuk dapat mandiri dan sanggup memenuhi kebutuhannya sendiri pada berbagai bidang, Pondok ini memiliki independensi dalam menentukan arah perjuangannya dan kebal terhadap intervensi dari pihak manapun.

Untuk itu Pondok menanamkan nilai penting ini kepada para santri dengan membiasakan mereka melakukan kegiatan-kegiatan yang bersifat from santri, by santri, for santri.

d. Ukhuwwah Islamiyyah

Pondok ini didirikan dengan spirit kebersamaan. Kebersamaan yang mencakup bekerja sama dalam kebajikan, saling menasehati kepada kebenaran dan kesabaran, solid bak bangunan yang kokoh, dan berempati merupakan bagian tak terpisahkan dari kehidupan di Pondok ini. Karena salah satu keniscayaan bahwa para santri akan bergabung dengan miniatur masyarakat sesama santri yang datang dengan latar belakang yang beragam. 

Maka mulai sedini mungkin para santri dilatih kepemimpinan, team working, membangun jejaring, bermasyarakat, dsb.

e. Independen

Artinya Pondok memiliki kedaulatan untuk menentukan masa depan, kebijakan, kurikulum, dan kegiatan yang dipandang bernilai kemaslahatan bagi Pondok. 

Sebagaimana para santri di Pondok ini diberi kemerdekaan dan keleluasaan dalam memilih kegiatan sesuai dengan minat dan bakat mereka masing-masing.