Pondok Modern Ayatuna, sejak pertama berdiri berupaya menjalankan tiga fungsi utama Pondok Pesantren, yaitu: Pertama, sebagai mata air (manhal) menimba ilmu (thalabu -l’ilmi). Kedua, sebagai ajang yang mendidik dan menempa karakter dan moralitas (al-akhlaq al-kariimah). Dan ketiga, sebagai persemaian (sanctuary) bagi kader-kader pemimpin ummat yang diharapkan kelak akan memajukan dan membina masyarakat asalnya. 

Dalam rangka mewujudkan cita-citanya, Pondok ini berpegang teguh kepada falsafah “pohon unggul” (syajarah thayyibah) (Q.S. Ibrahim: 24-25), yang mengakar kuat karena berpegang teguh kepada nilai-nilai dan prinsip-prinsip luhur keislaman maupun kepesantrenan. Sehingga dari akar yang kuat tersebut tumbuh batang yang kokoh menjulang ke angkasa berupa senarai cita-cita luhur, mulia, nan tinggi yang dicita-citakan Pondok ini. Karena rindangnya, menjadi tempat teduh yang menaungi para penimba ilmu yang datang dari berbagai belahan bumi Allah. Yang terus hidup bestari bersamaan dengan lestarinya buah manfaat yang diperbuat oleh Pondok ini tanpa kenal waktu.