Pondok Modern Ayatuna bercita-cita mewujudkan masyarakat yang rabbani dengan membina kader-kader pemimpin dan mendidik generasi khairu ummah.
Pondok Pesantren, sebagai lembaga pendidikan Islam di Indonesia, semenjak didirikan pertama kali berabad-abad yang lalu, telah memberi sumbangsih yang besar dalam memajukan berbagai dimensi kehidupan berbangsa di Indonesia. Para lulusan Pondok Pesantren turut serta memimpin, mendidik, memajukan, dan berkiprah untuk bangsa ini. Hal ini dikarenakan Pesantren tak pernah berhenti melahirkan ulama, pemimpin, guru, intelektual, ilmuan, sarjana, dan profesional di berbagai bidang yang menjunjung tinggi nilai-nilai moral yang luhur.
Pondok Modern Ayatuna, sejak pertama berdiri berupaya menjalankan tiga fungsi utama Pondok Pesantren, yaitu: Pertama, sebagai mata air (manhal) menimba ilmu (thalabu -l’ilmi). Kedua, sebagai ajang yang mendidik dan menempa karakter dan moralitas (al-akhlaq al-kariimah). Dan ketiga, sebagai persemaian (sanctuary) bagi kader-kader pemimpin ummat yang diharapkan kelak akan memajukan dan membina masyarakat asalnya.
Dalam rangka mewujudkan cita-citanya, Pondok ini berpegang teguh kepada falsafah “pohon unggul” (syajarah thayyibah) (Q.S. Ibrahim: 24-25), yang mengakar kuat karena berpegang teguh kepada nilai-nilai dan prinsip-prinsip luhur keislaman maupun kepesantrenan. Sehingga dari akar yang kuat tersebut tumbuh batang yang kokoh menjulang ke angkasa berupa senarai cita-cita luhur, mulia, nan tinggi yang dicita-citakan Pondok ini. Karena rindangnya, menjadi tempat teduh yang menaungi para penimba ilmu yang datang dari berbagai belahan bumi Allah. Yang terus hidup bestari bersamaan dengan lestarinya buah manfaat yang diperbuat oleh Pondok ini tanpa kenal waktu.
Dan sebagai institusi Al-Quran (muassasah quraniyyah) yang meyakini bahwa Al-Quran adalah sumber kegemilangan hidup di dunia maupun di akhirat dan bentuk kasih sayang teragung Allah untuk hambaNya, Pondok Modern Ayatuna berusaha mengunduh keberkahan Al-Quran dengan menyempurnakan interaksi insan dengan Al-Quran. Menghafal )hifzhan), membaca (tilaawatan), mendengar (simaa’an) dan memahami (fahman), mentadabburi (tadabburan), mentafsirkan bagi yang berotoritas (tafsiiran), serta mengikuti (ittibaa’an), mengamalkan (‘amalan), dan menda’wahkan (da’watan wa ta’liiman).
Semoga, dengan segala ikhtiar yang ada serta doa-doa shalih dari para pembaca, Sang Rahman berkenan melahirkan para Ulama Ulu -l-albab, pemimpin, dan pejuang yang meneruskan perjuangan demi kemaslahatan islam, muslimin, dan bangsa ini. Amin.
