Sebagai institusi Al-Quran, Pondok Modern Ayatuna percaya bahwa Al-Quran adalah kasih sayang teragung Allah pada para hambaNya. Al-Quran juga merupakan sumber kegemilangan hidup manusia baik di dunia maupun di akherat. Maka dalam rangka mereguk kemuliaan dan keberkahan Al-Quran, Pondok berikhtiar untuk menyempurnakan segala bentuk interaksi (mu’amalah) insan dengan Al-Quran, yaitu:
- Menghafal Al-Quran (hifzhan),
- Membaca Al-Quran (tilaawatan),
- Mendengar Al-Quran (simaa’an),
- Memahami makna Al-Quran (fahman),
- Mentadabburi Al-Quran (tadabburan),
- Mentafsirkan Al-Quran bagi yang memiliki otoritas (tafsiiran),
- Mengikuti Al-Quran (ittibaa’an),
- Mengamalkan Al-Quran (‘amalan),
Menda’wahkan dan Mengajarkan Al-Quran (da’watan wa ta’liiman)
